jour de carence fonction publique

Introduit en 2012 sous la présidence de Nicolas Sarkozy, supprimé deux ans plus tard en 2014, puis rétabli par la circulaire du 15 février 2018, le jour de carence dans la fonction publique a une histoire chaotique qui reflète un débat politique récurrent. Derrière cette mesure se cache une réalité simple et parfois douloureuse : le premier jour d'un arrêt de travail pour maladie ordinaire n'est pas rémunéré pour les agents publics. Récemment, un amendement au projet de loi de finances prévoyait de faire passer ce délai d'un à trois jours pour s'aligner sur le secteur privé. Les députés l'ont finalement supprimé du budget 2026, maintenant le statu quo à un seul jour pour 2025.

Qu'est-ce que le jour de carence et qui est concerné dans la fonction publique ?

Le principe est direct : lors de tout congé de maladie ordinaire, l'agent public ne perçoit aucune rémunération pour son premier jour d'absence. Quel que soit le jour de la semaine, ce jour reste à sa charge. Cette règle s'applique obligatoirement dans la Fonction publique territoriale (FPT) depuis le 1er janvier 2018, et dans l'ensemble des trois versants depuis la circulaire de rétablissement.

Les agents concernés sont les fonctionnaires titulaires, les stagiaires et les élèves fonctionnaires, ainsi que les contractuels de droit public justifiant d'au moins quatre mois d'ancienneté. Peu importe qu'ils soient à temps complet, à temps non complet ou à temps partiel : le principe s'applique uniformément.

Pour les contractuels dont l'ancienneté est inférieure à quatre mois, les agents sous contrats aidés, les agents en apprentissage et les assistants maternels ou familiaux, le délai de carence est de trois jours, comme dans le secteur privé. Notons que près de 70 % des salariés du privé bénéficient d'une couverture de leur entreprise dès les premiers jours d'absence, ce qui atténue l'impact réel de ces trois jours.

Comment est calculée la retenue sur salaire liée au jour de carence ?

La règle du trentième s'applique : la retenue représente 1/30e du traitement mensuel brut, calculée au prorata du temps de travail. Cette somme est déduite de la rémunération du mois où survient le premier jour de l'arrêt, ou du mois suivant. Le bulletin de salaire doit impérativement mentionner le montant retenu et la date du jour de carence concerné.

Ce que l'agent perd et ce qu'il conserve

Lors de ce jour non indemnisé, l'agent ne perçoit plus son traitement indiciaire principal, son indemnité de résidence, la Nouvelle Bonification Indiciaire (NBI), ni les primes et indemnités liées à l'exercice de ses fonctions.

En revanche, certains éléments sont conservés. Le Supplément Familial de Traitement (SFT), les remboursements de frais, les avantages en nature et les indemnités liées à la mobilité ne sont pas touchés. Les heures supplémentaires (IHTS) et les indemnités représentatives de frais sont également exclues de l'assiette de calcul.

Exemple concret : un agent percevant 1 800 euros de traitement brut mensuel et 400 euros d'heures supplémentaires se verra appliquer une retenue d'un trentième de 1 800 euros uniquement, soit 60 euros, et non sur l'ensemble de sa rémunération.

Quelles sont les exceptions au jour de carence dans la fonction publique ?

La liste des situations exemptées est plus longue qu'on ne l'imagine. La prolongation d'un arrêt constitue le cas le plus fréquent : si la reprise entre deux congés de maladie pour une même affection n'a pas dépassé 48 heures, aucun nouveau jour de carence n'est appliqué. Ce délai de 48 heures se calcule en jours calendaires, à partir du premier jour qui suit la fin de l'arrêt initial.

• Congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis), accident du travail ou maladie professionnelle
• Congé de longue maladie (CLM) et congé de longue durée (CLD)
• Congés liés à la maternité, à la grossesse pathologique et congé accordé après déclaration de grossesse
• Premier congé de maladie dans les 13 semaines suivant le décès d'un enfant de moins de 25 ans

Depuis le 1er janvier 2024, toute agente ayant subi une fausse couche avant la 22e semaine d'aménorrhée bénéficie d'un arrêt sans jour de carence, à condition que le médecin constate une incapacité de travail. C'est une avancée notable.

Pour les affections de longue durée (ALD), le jour de carence ne s'applique qu'une seule fois sur une période de trois ans à compter du premier arrêt lié à cette pathologie. Si l'agent souffre de plusieurs ALD différentes, le délai de carence s'applique par période de trois ans pour chacune d'elles séparément.

Quels effets le jour de carence a-t-il sur la rémunération et la carrière du fonctionnaire ?

Bonne nouvelle sur le plan statutaire : le jour de carence est assimilé à du temps de service effectif. Il n'a donc aucun impact sur le déroulement de carrière ni sur les droits à la retraite. Il fait partie intégrante du congé de maladie et n'interrompt pas la position d'activité de l'agent.

Une précision importante : il n'est pas possible de compenser ce jour par un ARTT, une autorisation spéciale d'absence ou un jour de congé ordinaire. La règle est ferme sur ce point.

Depuis mars 2025, les arrêts maladie sont rémunérés à 90 % du traitement indiciaire pendant les trois premiers mois, contre 100 % auparavant. Cette mesure doit permettre au gouvernement de réaliser 900 millions d'euros d'économies en un an, selon les chiffres avancés lors des débats budgétaires.

• Les indemnités journalières de la Sécurité sociale ne sont versées qu'à partir du 4e jour d'arrêt
• Un délai de carence de 3 jours s'applique avant tout versement de ces indemnités
• Quand l'administration rémunère l'agent, ces indemnités sont déduites du traitement
• La retenue du jour de carence est remboursée si l'arrêt est rétroactivement requalifié en CLM, CLD ou Citis

Franchement, c'est ce dernier point qui mérite attention : si un arrêt initialement classé en maladie ordinaire bascule en congé de longue durée ou en invalidité temporaire imputable au service, l'agent récupère la somme retenue. Penser à vérifier systématiquement la qualification de son arrêt avec son service RH peut faire la différence.